Геймдизайнер Томас Андерсон сделал себе имя работой над трилогией игр «Матрица». Хотя окружающий мир периодически даёт сбои и обнажает свою истинную сущность, бывший Нео исправно посещает психотерапевта, принимает пилюли и практически убедил себя, что всё это — игра его воображения. Но однажды на него выходит хакерша Багз и предлагает снова следовать за белым кроликом.

Вернувшись на Велдт, Кора с отрядом наёмников и местными крестьянами готовится дать бой превосходящим силам агрессоров под предводительством адмирала Нобла.

В галактической империи Праматерь после убийства королевской семьи власть узурпировал коварный сенатор. На окраинах зарождается революция, поэтому среди планет курсирует боевой корабль под руководством безжалостного адмирала Нобла. Когда ищущие повстанцев прибывают на захолустную луну Велдт, чтобы пополнить запасы пищи, а также убивать и насиловать, они неожиданно наталкиваются на сопротивление — загадочная женщина по имени Кора, которую пару лет назад вытащил из обломков корабля местный фермер, оказывается беглянкой из военной элиты империи.

В безднах космоса движется звездолет. Два члена команды, пробудившиеся от гиперсна, оказываются в сложной ситуации: оборудование не работает, вспомнить они ничего не могут. Какова была их миссия? Сколько времени прошло? Где они? Кто они? На все эти вопросы у них нет ответов. К тому же, на корабле обнаруживаются чужие — злобные воины, которые крушат все на своем пути.

У космических путешественников очень мало времени. Теперь для них собственные жизни — не самое главное, ибо только от них двоих, возможно, зависит спасение человечества. Нужно любой ценой восстановить управление кораблем, пока загадочный Пандорум не взял власть в свои руки.